巧克力囊肿是由于有活性的子宫内膜间质或者腺体异位到卵巢皮质内生长，周期性的出血，陈旧性的血液可聚集在囊内，形成暗咖啡色粘稠状的液体，类似巧克力样。巧克力囊肿如果出现大部分会逐渐增大，而伴有经期腹痛的进行性加重，可以通过B超检查进行初步的诊断。而且卵巢出现周期性的出血，表现为与周围组织粘连逐渐加重。巧克力囊肿增大明显时，有可能会影响卵巢的排卵，大部分女性因不孕而就诊。