在临床上，肠结核一旦诊断明确，就应该对患者采用早期、联合、适量、规律、全程的抗结核药物，治疗9-12个月，常用的抗结核药物包括异烟肼、利福平、乙胺丁醇、链霉素、吡嗪酰胺等，如果结核分枝杆菌培养药敏试验提示有耐药的，应该根据患者的病情调整用药方案。而且，在治疗的过程当中，一定要配合营养支持以及保肝的药物，这样的话，对于患者的病情改善才是有帮助的。而且，需要注意的是，如果患者肠结核造成了患者出现严重的腹腔感染、肠梗阻、肠道出血的，那么应该进行及时的手术治疗才好，这样的话，患者的病情才会得到明显的控制，而且患者预后是良好的。