肝囊肿通常没有明显的症状。在查体的时候会发现肝囊性占位，比较大的肝囊肿会由于挤压周围的器官，或者牵涉肝脏包膜而出现腹胀，少数的肝囊肿是由于囊壁出血而出现疼痛的症状，有的会合并感染而出现类似于肝脓肿的表现，主要症状包括疼痛，寒战，发热，肝功能异常，甚至有的会出现黄疸。有一种囊肿属于常染色体显性疾病，是多囊肝，肝脏布满小不等成千上百的大大小小的水泡一样囊肿，这种多囊肝，往往更增体积明显增大，并出现严重的腹胀，部分病人由于合并肝功能不全而出现黄疸与腹水。