头发里面有毛囊炎可以根据感染的致病菌使用相应的抗菌药物治疗。头发里面的毛囊炎是由头皮处的毛囊被细菌、真菌的病原菌感染引起的，症状较轻的毛囊炎一般不需要治疗，能够自行消失，注意局部卫生就可以。如果毛囊炎的症状比较重可以根据感染的致病菌外用抗菌药物治疗，比如细菌感染导致的毛囊炎可以使用夫西地酸、多粘菌素B、红霉素软膏，真菌感染导致的毛囊炎症可以使用特比萘芬、咪糠唑乳膏来进行相应的治疗。