甲状腺功能减退症的治疗主要是替代治疗。甲状腺功能减退症主要是由于甲状腺分泌减少导致，因此需要替代补充，甲状腺素替代治疗的目的是纠正甲状腺功能减退，改善身体代谢，预防各器官系统功能异常。永久性甲状腺功能减退者需终身替代治疗，首选左甲状腺素，起始剂量及完全替代治疗需要个体化调整，临床症状缓解后维持其剂量长期应用。患者需要定期复查甲功三项，调节左甲状腺素的剂量。此外，甲状腺功能减退症除了自身疾病还有可能引发很多并发症，因此还需针对性治疗高血压、贫血、甲减性心脏病、高血脂等。