幼年类风湿关节炎的治疗也是以药物治疗为主。首先服用甲氨蝶呤抗风湿改变病情药物，它能够减少关节畸形的发生，延缓病变进展。其次可以应用非甾体类抗炎药，能够减轻关节肿痛的症状。对于症状非常明显比如有多个关节肿胀疼痛，并且全身炎症反应重，化验血沉、C反应蛋白明显增高，甚至伴有发热等全身症状的患者，可以考虑应用生物制剂治疗，它能够有效的减轻体内炎症反应，控制病变进展。幼年类风湿关节炎大多数也需要长期应用药物治疗。等病情稳定进入缓解期后，可以根据患儿的具体情况，逐渐减少用药的剂量和用药种类。