经过抗乙肝病毒和保肝降酶治疗，肝病小三阳引起的肝功能异常可以恢复正常，血液内乙肝病毒可以转阴，但难以彻底清除肝细胞内的病毒。部分小三阳患者血液内无乙肝病毒DNA，肝功能正常，无明显的肝脏炎症，上述状态持续时间较长，不需要抗乙肝病毒治疗。部分小三阳血液内乙肝病毒DNA水平较高，肝功能异常，经抗乙肝病毒和保肝降酶治疗，血液内乙肝病毒转阴，肝功能恢复正常。但很多患者停药后，血液内乙肝病毒DNA可再次转为阳性，肝功能再次异常。极少数情况下出现表面抗体转为阳性，血液内乙肝病毒彻底消失，肝功能长期保持正常。