强直性脊柱炎的病因，现在还没有完全搞清楚。目前的研究认为，强直性脊柱炎很可能在遗传因素的基础上，受环境因素，包括感染等多方面的影响而导致的。遗传因素在强直性脊柱炎的发病中有重要作用，一般认为他与HLA-B27有直接的关系，HLA-B27阳性患者发病率在10%到20%。免疫因素也是其中的一个病因，有人发现60%的强直性脊柱炎患者血清补体增高，大部分病例有类风湿因子血清水平明显增高。另外，创伤、内分泌代谢障碍和变态反应也认为是发病原因。