巧克力囊肿的形成主要是和子宫内膜种植学说有关，种植学说包括经血逆流和淋巴静脉播散。经血逆流是月经期脱落的子宫内膜，会随着经血逆流，通过输卵管进入腹腔，然后种植于卵巢。淋巴静脉播散，子宫内膜可能通过淋巴、静脉向远处播散，最后种植在卵巢。巧克力囊肿的形成还和遗传、免疫因素有关。巧克力囊肿需要及时进行治疗，治疗分为药物治疗、手术治疗。药物治疗主要是服用非甾体类抗炎药、激素类药物。手术治疗主要是通过经腹手术和经腹腔镜手术进行治疗。