通常对于符合适应症的肾结石，采用经皮肾镜碎石取石术或输尿管软镜碎石取石术。对于完全性和不完全性鹿角形结石，大于等于2cm的肾结石，有症状的肾盏或憩室内结石，体外冲击波难以粉碎及治疗失败的肾结石，可以考虑采用经皮肾镜进行治疗。经皮肾镜采用超声或x线定位，于12肋下至10肋间腋后线到肩胛线之间的区域进行穿刺，穿刺后进行扩张，扩张后采用激光，气压弹道，超声等进行粉碎结石，并吸出结石碎片，根据情况决定是否留置肾造瘘管以及二期碎石。输尿管软镜碎石通常用于小于两公分的肾结石。治疗方法采用逆行途径向输尿管内插入导丝。经输尿管硬镜或者软镜鞘扩张后放置输尿管软镜，随导丝进入肾盂或肾盏，找到结石，采用激光进行粉碎结石，并使用套石篮取出结石，一期可分次多次进行碎石取石。