宫颈囊肿的形成主要是由于子宫颈转化区内鳞状上皮细胞在取代柱状上皮细胞的过程中，新生的鳞状上皮覆盖了子宫颈管腺口或者是深入腺管内将腺管口堵塞，导致腺体内分泌物引流受阻，也就潴留形成了囊肿，或者是由于子宫颈局部损伤，子宫颈慢性炎症导致子宫颈的腺管口狭窄，同样出现了分泌物受阻的情况，也就潴留形成了囊肿。通常情况下，宫颈管腺体的囊肿，绝大多数是宫颈的生理性变化，不需要特殊的处理，需要注意的是深部的子宫颈腺体囊肿由于在子宫颈的深部，宫颈表面看起来可能是正常的，仅表现为宫颈肥大，出现这种情况还是要进行宫颈癌筛查。