胃功能紊乱的治疗主要以缓解症状，提高患者的生活质量为主要目的，遵循综合治疗和个体化治疗的原则。一般，要帮助患者认识和理解病情，建立良好的生活和饮食习惯，避免烟酒及服用非甾体抗炎药，避免食用可能诱发症状的食物。注意根据患者不同特点进行心理治疗，失眠焦虑者可适当服用镇静或抗焦虑药物。药物方面无特效治疗，主要是经验性的治疗，可以选择抑制胃酸药物，一般适用于以上腹痛、上腹灼热感为主要症状的患者；可选择H2受体拮抗剂或质子泵抑制剂；还可以选择促胃肠动力药，一般适用于以餐后饱胀、早饱为主要症状的患者；可以选择吗丁啉、莫沙必利或依托必利等；对疗效不佳者，抑制胃酸药和促胃肠动力药可换用或联合使用；还可使用助消化药，如消化酶抑制剂可作为治疗消化不良的辅助用药，可以改善与进餐相关的上腹胀、食欲差等症状。如果上述治疗疗效欠佳而伴随精神症状明显的患者，可使用抗抑郁药进行治疗。