三叉神经痛的病因根据其种类不同，其病因也是不一样的。原发性的三叉神经痛是指原因不明的三叉神经痛，占三叉神经痛的绝大多数，它的病因不明确，可能已神经受血管压迫或者是神经变性有关系。而继发性的三叉神经痛是指三叉神经系统本身或者是周围存在某些器质性的病变，比如说肿瘤、感染、血管的畸形所引起的，称为继发性的三叉神经痛，这类疼痛是有明确的病因的。