龟头疼痛流脓，可在医师指导下服用头孢克肟胶囊、头孢氨苄胶囊等药物治疗。因为此时多半考虑是由于龟头炎引起的，所以需要运用这类抗炎消肿的药物治疗。如果龟头存在破损、溃疡，还需要涂抹莫匹罗星软膏消炎治疗，同时需要用碘伏擦拭干净破损部位，由于衣原体、支元体感染或淋球菌感染引起龟头疼痛，流脓，需要先化验分泌物检查，确诊具体的病因后，分别给予不同的治疗方法，在治疗时应保持会阴部清洁卫生、干燥，勤换洗内裤。