肚脐上面疼痛的主要原因如下：1、慢性肠炎。本病发病时会出现肚脐上面疼痛，并带有明显的排便紊乱，可通过结肠镜等检查明确诊断。2、慢性胃炎和胃溃疡。本病发病时会出现上腹部疼痛，并伴有反酸、嗳气等症状；胃溃疡发作会有周期性、节律性的特点，主要通过胃镜检查明确诊断。3、胰腺炎。本病发病时会出现肚脐上方、上腹部或中腹部疼痛，主要通过血尿淀粉酶、胰腺彩超明确诊断。