先天性的甲状腺功能低下症，主要是家族性的一些遗传因素，或者是甲亢的母亲在孕育胎儿的时候没有得到明显的控制，或者是经过了治疗，仍然由于抗体的存在，使胎儿出现了先天性的甲减。一部分甲减的孕妇如果没有积极的治疗甲减，也可以导致孩子出现先天性的甲状腺功能低下。所以有甲状腺疾病史的孕妇在胎儿出生后，一定要对孩子进行甲状腺功能的化验，以及时发现甲状腺激素水平的异常，一旦发现，一定要及时的应用甲状腺激素替代治疗。如果没有进行治疗，先天性的甲状腺功能低下症的患儿会发展成为呆小病，除了身材矮小以外，还可以出现智力的障碍，如果积极地进行了甲状腺激素的治疗，儿童的生长发育和正常儿童没有区别。