巧克力囊肿是子宫内膜异位症的其中一种证型。内异症的病因，目前来说不是很清楚，但我们对它的病理变化是可以了解的，主要是异位的子宫内膜随着卵巢激素的变化而发生周期性的出血，导致周围的组织增生和囊肿粘连的形成。子宫的内膜长到卵巢上也一样会受卵巢激素的影响，周期性的出血，周围的组织增生、包裹形成一个囊肿，里面其实就是排不出来的月经血，看起来像巧克力一样的颜色，所以我们称之为巧克力囊肿。