尖锐湿疣长在肛门部位，是因为引起尖锐湿疣的人乳头瘤病毒HPV具有亲粘膜性有关。人乳头瘤病毒HPV有很多种亚型，不同的型别的HPV在不同部位可产生不同类型的损害。HPV有亲皮肤型和亲粘膜型。亲皮肤型的HPV感染后，可形成扁平疣、寻常疣、跖疣等。而亲粘膜型的HPV感染后，可以形成尖锐湿疣，常见的型别包括HPV6型、11型、16型和18型。