确诊肺结核的依据有以下两点：1、痰、肺泡灌洗液或者肺组织送检结核菌培养阳性可以确诊为肺结核；2、痰、肺泡灌洗液或者肺组织抗酸染色阳性，再加上结核DNA的阳性，也可以确诊为肺结核。很多时候达不到上述确诊的标准，但是有些指标的阳性也提示高度是肺结核的可能，比如：单独的抗酸染色阳性以及单独的结核DNA阳性，对于诊断肺结核也有很大的帮助。再比如：肺组织的病理学活检提示结核性的肉芽肿对于诊断肺结核也有很大的帮助。因此来说，有的时候肺结核的诊断只能做出临床诊断，而不是确诊诊断，临床诊断的肺结核给予抗结核治疗有效也能证实最后是肺结核。