肠结核的治疗目的，主要是为消除症状，促使病灶愈合及防治并发症，强调早期治疗，因为肠结核早期病变是可逆的。1、药物治疗，药物治疗原则是早期、规律、全程、适量、联合。药物包括异烟肼、利福平、链霉素、吡嗪酰胺、乙胺丁醇、对氨基水杨酸钠。药物治疗必须采用标准化治疗方案，分为2个月强化期和4~6个月的巩固期，强化期通常联合用3~4种杀菌药，减少或防止耐药性的产生，巩固期药物减少，以消除残余菌并防止复发。2、对症治疗，腹痛可用抗胆碱能药物，摄入不足或腹泻严重者，应纠正水电解质与酸碱紊乱。对不完全肠梗阻患者，需进行胃肠减压。3、手术治疗，少数患者需要手术治疗，其指征为完全性肠梗阻，急性肠穿孔或慢性肠穿孔瘘管形成，经内科治疗而不能闭合者，肠道大量出血经积极抢救不能有效止血者，诊断困难须剖腹探查者。