臭气是由于有机物没有被微生物完全氧化而产生的，主要组成为碳水化合物和蛋白质。碳水化合物是由碳、氢和氧元素构成的化合物，化学通式为—（CmH2On）—，大部分的碳水化合物属于纤维素和糖类，它们几乎存在于所有的天然物质中。在堆肥过程中由于缺乏足够的氧气，碳水化合物裂解成乙醇、酯类、乙醛和有机酸等物质。这些化合物本身都具有特殊的气味，如香味、酸味和腐烂味等。蛋白质是由碳、氢、氧、氮和硫组成的化合物，在蛋白质降解过程中，由于缺乏足够的氧气而产生臭气，这些臭气主要由氨气、胺类、硫醇和其他一些物质所引起。一些氮和硫的化合物也含有强烈的臭味，而且要比碳水化合物产生的气味更令人难以忍受，在大气中的气体浓度单位通常记为“mg/L”。

由于微生物的代谢作用，污泥堆肥在好氧状态下也会产生一些臭味，这些臭味的强度和特性主要取决于混合原料的碳氮比、堆肥污泥的数量、气味稀释的能力、运行参数（如搅拌、堆肥的温度等）等因素。

预防是从源头上进行臭气控制，也是最具有优势的方法，堆肥初期通过控制通气条件可以很大程度上减少臭气的产生，但是这不能消灭所有的臭气源。可控制的臭气主要来源于易生物降解的调节剂存放的地点和清洁整理的过程。由于外观和气味的原因，用于堆肥的污泥存放在道路、停车场会产生较强烈的臭味，清洁过程的挥发性有机物的渗出会导致臭气的产生。在堆肥场所，需要防止不必要的臭气外溢，但是污泥不是臭气的唯一来源，其他如用于堆肥的杂草等也会产生一定的臭气，这些材料的混合堆放都会形成厌氧环境，在搅拌过程中易产生臭气。

一部分臭气来源被控制，下一步的重点就是减少臭气与人接触的机会，即堆肥设施的隔离、气味控制技术以及气味和空气的自然稀释。堆肥设施的隔离要在最初的设计阶段考虑，臭气的消除和稀释也是很关键的。