由于微生物絮凝剂的独特优越性，今后由它取代传统的絮凝剂是一个技术可行和环境友好的发展趋势。但国内外对该技术的研究总体水平仍较低，要实现其工业化利用，还需要攻克一系列制约性的技术难题。具体来说，今后仍需进行深入研究的内容主要集中在以下方面。

①加强对微生物絮凝剂种类、结构、成分、理化特性、作用机理与适用范围等方面的基础性研究，并探索其最佳应用条件。

②自然界的微生物很多，根据目前的方法，从中找出能生产絮凝剂的菌种较为困难，效率很低，因此研究高效的寻找、筛选并确定絮凝剂产生菌的方法势在必行。

③从现代分子生物学的角度明确微生物絮凝剂的遗传基因，并进行微生物絮凝剂的基因控制与表达、絮凝质粒的提取与组合研究，探索用基因工程技术生产微生物絮凝剂的方法。

④微生物絮凝剂的生产成本主要由微生物培养基的成本来决定，而目前微生物培养基的成本普遍较高。因此，今后该领域的一项重要工作就是寻找、开发低成本的微生物絮凝剂培养基，并加强对低生产费用的微生物絮凝剂的研究开发，提高微生物絮凝剂生产率，为实现大规模工业化生产奠定基础。

⑤改善其絮凝性能，开展对其用途的研究，拓宽其应用领域的范围，促进其在各种类型的污水及污泥处理中的应用推广。

尽管微生物絮凝剂存在种种不足，但作为一种具有多项优点的新型污泥调理技术，微生物絮凝调理技术的发展潜力和市场应用前景将十分广阔。