软件著作权变更登记有以下流程：

一、填写申请表；

二、提交申请文件；

三、缴纳申请费；

四、登记机构受理申请；

五、补正申请文件；

六、取得证明。

《计算机软件著作权登记办法》第十六条规定，软件著作权登记人或者合同登记人可以对已经登记的事项作变更或者补充。申请登记变更或者补充时，申请人应当提交以下材料：

(一)按照要求填写的变更或者补充申请表；

(二)登记证书或者证明的复印件；

(三)有关变更或者补充的材料。