微生物燃料电池有很多种分类方法，不论以何种方式进行分类，它们都具有微生物燃料电池的共同性质。

01异养型MFC、光能异养型MFC和沉积物型MFC

根据微生物营养类型的不同，MFC技术可以分为异养型、光能异养型和沉积物型。异养型型MFC是指厌氧菌代谢有机底物以产生电能；光能异养型MFC是指采用光能异养菌（例如，藻青菌）利用光能和碳源作底物，以电极作为电子受体进行电能的输出；沉积物型MFC是指微生物通过利用沉积物相和液相间的电势差而产生电能。

02有介体MFC和无介体MFC

根据电子从细菌到电极转移方式的不同，MFC分为有介体MFC和无介体MFC。从理论上讲，各种微生物都可能成为有介体MFC的催化剂，其中有介体MFC又称为间接MFC。经常使用的细菌很多，比如普通变形菌、大肠埃希杆菌和枯草芽孢杆菌等。电池中的微生物可以把电子直接传递到电极，但是相比而言电子的传递速率相对较低。由于微生物的细胞膜含有类聚糖或肽键等不导电的物质，致使电子难以穿过，因此一般微生物燃料电池为了促进电子的传递需要氧化还原介体。作为氧化还原介体应具备以下条件：a.较容易通过细胞壁；b.较容易从细胞膜上的电子受体获得电子；c.要有比较好的溶解度和稳定性等；d.电极的反应快；e.对微生物没有毒害作用；f.不能被微生物食用，而成为微生物的营养物质。一般可以采用硫基、Fe（Ⅲ）EDTA和中性红等有机物或金属有机物作为MFC的氧化还原介体。

由于氧化还原介体大多容易分解并且有毒，因此在很大程度上阻碍了MFC的商业化进程。近几年来，陆续发现了几种特殊细菌，它们可以在无氧化还原介体存在的条件下将电子传递给电极产生电流。另外，从废水或海底沉积物中富集的微生物群落也可以用于直接构建MFC。