幽灵线东京一共有6个章节。

第一章：绪(幻影之城);第二章：累(净化迷雾之力→死亡迷宫→死而无憾);第三章：缘(光之柱→白暗→剧痛);第四章：纠(巨人→黑塔);第五章：绝(东京塔);第六章：线。