水胡芦过多会覆盖水面，降低了光线对水体的穿透能力，影响水底生物的生长，并增加水中二氧化碳的浓度，降低水产品产量，增加水的蒸发量，为蚊类提供适宜的滋生场所，有些学者将之列为“世界十大害草”之一。水胡芦可以用草甘磷、克芜踪、草铵膦等高效除草剂农药消灭根除。