孟德尔遗传定律适用于细胞核遗传，不遵循孟德尔遗传定律的物质有：

1、原核生物没有细胞核，所以不遵循。

2、细胞质的遗传，如线粒体和叶绿体内的独立存在的DNA的遗传不遵循。

3、多个遗传因子的遗传等也不遵循。