锤子手机原生桌面想要整理，可以按照以下步骤进行操作：

1、首先进入原生桌面，然后点击打开进入二级桌面；

2、将二级桌面的应用放入主页桌面，其中二级桌面是不可移动的；

3、最后在主页桌面长按，新建文件夹即可完成操作。